Осколки подлинных цветных  витражей кёнигсбергского Кафедрального собора передал в Калининградский историко-художественный музей  начальник студенческого конструкторского бюро КГТУ, доцент, к.т.н. Евгений Вячеславович Маслюк. Как и для многих подростков, чьё отрочество пришлось на послевоенные годы, руины старого города  были для него излюбленным объектом изучения. Будучи 13-летним юношей, Е. В. Маслюк часто гулял с друзьями на острове Кнайпхоф. В 1961 году у внешней стороны северного нефа около могилы Канта он нашел уцелевшие после бомбардировки английской авиации в августе 1944 года осколки витражей Кафедрального собора. По словам сотрудника КГТУ, тогда он взял только те крупные фрагменты, которые не были обезображены пожаром.

Как удалось выяснить специалистам Калининградского историко-художественного музея, к 1902 году почти все старые средневековые стёкла собора были заменены на новые. В целом, имеющиеся архивные данные дают очень скудную информацию об истории витражей Кафедрального собора,  особенно о том, как они выглядели  до завершения реставрации  в начале XX века. Известно, что витражи главного нефа были посвящены сценам из Нового Завета, южной стороны – представителям рода Гогенцоллернов,  северной – истории Пруссии. Их создание традиционно финансировали влиятельные люди Кёнигсберга, представители высших сословий.

Так, сцена «Рождество Христово» была создана благодаря семейству Калькштайн. Витраж на сюжет «Крещение в Иордане» был заказан и оплачен представителями трёх масонских лож Кёнигсберга, о чём свидетельствовал  небольшой знак, располагавшийся в нижней части изображения. От имени семьи Шлобиттен возникла «Нагорная проповедь»,  мотив «Христос и самаритянка» был создан по заказу графа Штольберг-Вернигероде, сюжет «Святой Петр», в свою очередь, был подарен собору графом Дёнхофф. 

Витражи, располагавшиеся в алтаре, были посвящены мотивам прусской истории. Северная сторона повествовала о Великих Магистрах Тевтонского ордена, которые были захоронены в соборе. Серия изображений витражей, развернувшихся с запада на восток, была стилизована под рыцарское Средневековье. Каждое такое изображение включало полноростовой портрет и гербовую пару. Первыми следовали Иоханнес Клэр, Лютер Брауншвейгский, следующее окно представляло два герба Людвига Эрлихгаузена и Генриха фон Плауэна, далее шли  фигуры и гербовые изображения Генриха фон Рихтенберга, Мартина Ветцхаузена, Иоганна фон Tиффена и Фридриха Саксен-Мейссенского.

Витражи южной стены были посвящены захороненным в Кафедральном  соборе представителям рода Гогенцоллернов. В направлении с запада на восток следовали витражи с изображением родового герба герцога Альбрехта, далее его преемника Альбрехта Фридриха, маркграфа Георга Вильгельма и императора Вильгельма.